Chúng được đặt tên nơi nó được ghi nhận lại cùng với ba loài gặm nhấm khác của nhóm chuột gạo (Oryzomyini), Sigmodontomys aphrastus, Mindomys hammondi và Handleyomys alfaroi, cũng như ba loài khác là loài Chironectes minimus và các loài không xác định được trong chi Didelphis và Marmosa. Mindo có nghĩa là một "cộng đồng nông nghiệp nhỏ bé" nằm ở 0 ° 02'S, 78 ° 48'W và cao 1.264 m (4.150 ft). Nó ban đầu được mô tả bởi ông Oldfield Thomas như là một phân loài của Oryzomys albigularis. Nó vẫn được đồng nghĩa với loài này cho đến khi nó được công nhận là một loài riêng biệt khi chi Nephelomys được thiết lập cho Oryzomys albigularis và các loài liên quan vào năm 2006.